14.06.2013
Е.Н. Имянитов
ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
За последние 15-20 лет стало очевидным, что многие новообразования характеризуются необычной особенностью: по не в полной мере понятным причинам в периферической крови (в плазме) у онкологических пациентов зачастую обнаруживаются фрагменты опухолевой ДНК [Alix-Panabières et al., 2012]. Считается, что подобное явление может использоваться для ранней диагностики и мониторинга злокачественных заболеваний. К настоящему моменту опубликованы сотни работ, посвященных анализу отдельных мутированных генов (циркулирующей ДНК, цДНК) в сыворотке крови онкологических больных. Главным ограничением подобных исследований является использование «неуниверсальных» маркеров, присутствие которых наблюдается лишь у небольшой части онкологических пациентов. Например, мутация EGFR, используемая в качестве такого маркера, регистрируется всего лишь у 6-7% пациентов с опухолями легкого и практически никогда – при новообразованиях других локализаций.
Разработки прошедшего десятилетия предоставили совершенно другую технологическую платформу для подобных тестов: оказалось, что одним из наиболее эффективных способов идентификации отдельных мутированных ДНК является методика массивного параллельного секвенирования (next generation sequencing, NGS) [Cooke and Campbell, 2012]. Принцип NGS сводится к многократному (10-1000 раз) считыванию случайных коротких фрагментов ДНК и, при необходимости, биоинформатической «сборке» этих последовательностей в единое целое. Преимущество данного подхода заключается в его универсальности – массивное параллельное секвенирование способно к параллельному анализу десятков (и даже сотен или тысяч) генов, причем его чувствительность позволяет обнаружить единичную мутированную копию гена в присутствии многократного избытка нормальных ДНК-фрагментов. Murtaza et al. (2013) применили технологию NGS для мониторинга лечения онкологических больных и убедительно продемонстрировали, что формирование резистентности к лекарственной терапии действительно сопровождается появлением в периферической крови опухоль-специфических ДНК-последовательностей. Таким образом, генетический анализ плазмы, зачастую называемый на жаргоне молекулярных генетиков «жидкой биопсией», может иметь отличные перспективы для клинического применения.
Другой интересной статьей, опубликованной в мае 2013 г., является исследование Venook et al. (2013). В основе этой работы лежит применение мультигенного теста для прогнозирования послеоперационного рецидива опухолевого заболевания. Прототипом успеха в данной области считается использование 21-генной панели OncotypeDX Breast Cancer Assay (Genomic Health Inc.) для прогнозирования рецидива гормон-рецептор-чувствительного рака молочной железы [Paik, 2011]. В работе Venook et al. (2013) аналогичный подход применялся для предсказания рецидива карцином толстой кишки, подвергшихся хирургическому удалению на второй стадии заболевания. В используемой 12-генной панели 7 генов (MKI67, MYC, MYBL2, FAP, BGN, INHBA, GADD45B) ассоциированы с агрессивным течением опухолей желудочно-кишечного тракта, а оставшиеся 5 служат в качестве внутреннего стандарта (www.oncotypedx.com/Colon/PatientsCaregivers). Анализ 690 пациентов продемонстрировал, что OncotypeDX Colon Cancer Assay является эффективным маркером рецидива заболевания.
Из обзорной литературы для чтения можно порекомендовать работу Macconaill (2013), посвященную описанию современных методов молекулярного анализа.
Литература
